《越狱第二季》延续了第一季的紧张剧情，讲述了迈克和林肯成功越狱后的逃亡故事。逃脱的囚犯们分散各地，各自展开了全新的逃亡生涯。联邦调查局探员马洪奉命追捕这些逃犯，尤其是迈克和林肯。迈克继续寻找线索，试图揭开林肯被陷害的真相，同时还要躲避警方的追捕。其他逃犯如TBag、CNote和苏克雷也各自面临不同的困境和挑战。随着剧情的发展，迈克逐渐接近真相，但危险也日益逼近。逃亡过程中，迈克与莎拉的感情逐渐加深，但她也因帮助迈克而陷入困境。第二季充满了悬疑、惊险和情感冲突，展现了逃亡者们在生死边缘的挣扎与抉择。