《越狱第三季》讲述了麦克为替莎拉顶罪，被关进巴拿马最危险的SONA监狱。这座监狱因几年前囚犯暴乱而被军方遗弃，犯人只能自生自灭。林肯发现儿子LJ和莎拉被神秘组织"公司"绑架，对方要求他协助麦克越狱以换取人质安全。在监狱中，麦克与昔日敌人TBag结盟，同时结识了新盟友詹姆斯。监狱外，林肯与老搭档苏克雷联手展开营救行动。随着越狱计划推进，麦克发现这次行动背后隐藏着更大的阴谋，而莎拉的生死也成为悬在他心头的利剑。在暴乱频发的监狱环境中，麦克必须在有限时间内完成不可能的任务，同时揭开"公司"的真实目的。