《医神华佗》讲述了东汉名医华佗的传奇一生。华佗自幼聪慧过人，醉心医学，拜名医张仲景为师。一次，关羽带来一位同乡求医，华佗发现其病症异常，结合《伤寒论》与《滋阴论》，成功研出治疗瘟疫之法。然而，百姓迷信鬼神，加上小人陷害，华佗屡遭迫害，甚至面临杀身之祸。他与张仲景之女张妙心两情相悦，决定逃亡许昌。在许昌，华佗不分贵贱救治病人，却因失败被贬为“医死人大夫”。后因治愈曹操幼子顽疾，被封为太医院监，撰写医学著作。曹操命他制毒杀害关羽士兵，华佗不耻其行，投靠关羽。曹操头风发作，以斩杀太医院三百余人胁迫华佗回许昌治病。华佗深知此行凶多吉少，命运的考验再次降临。