《星际之门：亚特兰蒂斯第二季》继续讲述了探险队在飞马座星系的冒险经历。在第一季的结尾，亚特兰蒂斯城面临能源危机，探险队不得不冒险启动城市的星际之门返回地球寻求援助。然而，他们发现自己陷入了一场与“幽灵”的激烈对抗中。这些强大的敌人曾是Ancient的实验产物，如今统治着飞马座星系，并以人类为食。探险队在Sheppard中校的带领下，继续探索星系中的各个星球，寻找抵御幽灵的方法。他们与飞马座星系的原住民建立了联系，并试图联合各方力量对抗共同的敌人。与此同时，探险队也发现了更多关于Ancient文明和亚特兰蒂斯城的秘密。随着幽灵的威胁日益加剧，探险队必须迅速找到解决方案，否则亚特兰蒂斯城和地球都将面临毁灭性的打击。在这一季中，团队成员之间的信任与合作被推向极限，他们不仅要面对外部的敌人，还要处理内部的矛盾和危机。