《星际之门：亚特兰蒂斯第三季》继续讲述探险队在飞马座星系的冒险。亚特兰蒂斯小队面对强大的幽灵（Wraith）威胁，努力寻找对抗他们的方法。Sheppard中校和他的团队在探索过程中，发现了更多关于Ancient文明的秘密，并试图与飞马座星系的原住民建立联盟。与此同时，Elizabeth Weir博士带领团队应对内部的挑战和外部的危机，试图保护亚特兰蒂斯城免受幽灵的侵袭。随着剧情的推进，小队逐渐揭开了Ancient与幽灵之间的复杂关系，并找到了潜在的武器和技术来对抗这个古老的敌人。然而，每一次的胜利都伴随着新的威胁，探险队必须在资源有限的情况下，做出艰难的决定，以确保人类的生存和亚特兰蒂斯的安全。