《星际之门：亚特兰蒂斯第四季》继续讲述了探险队在飞马座星系的冒险故事。Weir博士在上一季的危机中幸存下来，重新领导团队。McKay博士面临亚特兰蒂斯能源枯竭的严峻挑战，仅有24小时的能源储备，且星际之门无法使用，团队必须迅速找到解决方案。与此同时，McKay与Sheppard计划从复制者手中夺回ZPM（零點模塊），以恢复亚特兰蒂斯的能源供应。Samantha Carter加入团队，协助应对危机。在这一季中，探险队不仅要面对技术上的困境，还需应对Warith的威胁。Warith是Ancient实验的产物，技术先进且残忍，以人类为食。团队在探索飞马座星系的过程中，与当地居民合作，寻找对抗Warith的方法，经历了一系列惊险的旅程。他们不仅要保护亚特兰蒂斯，还要为整个星系的未来而战。