时为大正十二年，东京的夜晚出现了被称为吸血鬼的神秘存在。他们隐匿于黑暗，以人类鲜血为食，自古便潜藏于世。为应对这一威胁，陆军内部秘密成立了第十六特务队"零机关"。这支由最强人类前田义信大佐领导的特殊部队，成员包括新人吸血鬼栗栖秀太郎、天才落第者山上德一、存活数百年的吸血鬼诹访，以及疯狂科学家竹内。面对日益增多的吸血鬼事件和神秘人工血液"阿斯克拉"的流传，零机关穿梭于大正浪漫的夜色中。而暗中观察这一切的，是拥有三百年寿命却保持孩童外表的S级吸血鬼戴夫罗特。在这个弱者即为吸血鬼的时代，零机关的成员们将揭开隐藏在黑暗中的真相。