《校园外星人》讲述了在不久的未來，地球上隨處可見異星人，人們對此早已習以為常，甚至在小學裡也不例外。每個學生都會被分配到不同職務，如生活股長、衛生股長、飼育股長等，還有一個特別的職位叫作“異形應變小組”。這次被選中擔任這一職務的是百合、久美和小霞三位女生。雖然校內出現異星人已不是新鮮事，但面對這些又濕又黏的生物，大家還是難免感到不適。百合對此感到無奈，而久美和小霞卻是主動要求加入這一小組的資優生。三人組成的“異形應變小組”將面臨各種挑戰，她們能否順利完成任務，並在校園生活中找到自己的位置呢？故事圍繞她們的成長與冒險展開。