《X档案第一季》讲述了FBI探员福克斯·穆德因童年时妹妹被外星人绑架的经历，执着调查超自然现象的故事。穆德被分配到专门处理离奇案件的X档案部门，FBI高层派来理性冷静的女探员黛娜·斯科莉与他搭档，试图用科学解释这些案件。两人在调查过程中遭遇了变异怪物、政府阴谋、灵异事件等超自然现象，逐渐发现背后可能涉及外星生命与人类政府的秘密合作。随着调查深入，他们不仅要面对未知的危险，还要应对来自上级的阻挠。穆德坚信外星人存在的偏执与斯科莉的科学怀疑论不断碰撞，两人在矛盾中建立起信任，共同揭开一个又一个匪夷所思的真相。