《X档案第六季》继续跟随FBI探员穆德和史卡利调查各种超自然现象和未解之谜。在本季中，穆德和史卡利发现了一个基因技术研究公司的员工体内孵化出的外星生物，并追踪其逃跑的踪迹。他们找到了具有特殊能力的男孩吉布森，他带领穆德找到了那个外星生物。与此同时，史卡利通过研究得出结论，吉布森可能是外星人，甚至所有人类都有可能具有外星血统。本季还揭示了X档案部门的新主管斯彭德和福尔利，他们对穆德和史卡利的调查进行了干预。最终，吉布森再次神秘消失，留下更多未解的谜团。穆德和史卡利继续在真相与谎言之间探索，揭示更多关于外星生命和政府阴谋的秘密。