《无能的奈奈》讲述了一座位于孤岛上的学校，这里的学生都是拥有超能力的孩子。他们被告知，未来将有一场灾难降临地球，而他们必须在这与世隔绝的环境中接受训练，以应对即将来袭的“人类之敌”。故事的主角柊奈奈（大久保瑠美配音），外表可爱，拥有读心术的能力。她与另一位转校生小野寺京谷（中村悠一配音）一同来到这座孤岛学园。京谷拥有无论受多重伤都能自愈的能力。然而，奈奈的真实身份却是一个无能力者，她潜入学校的目的是为了揭露这些超能力者的秘密，并阻止他们可能的破坏行动。随着奈奈与京谷等人的互动，谎言与真相交织，学生们逐渐发现隐藏在这座孤岛背后的巨大阴谋。在这场无能与有能的博弈中，他们将面对怎样的命运？故事由此展开。