《我们无法一起学习第二季》延续了前作的轻松喜剧风格，讲述了高三学生唯我成幸为了获得大学学费减免的特别推荐资格，继续担任天才少女们的辅导老师。这次他不仅要帮助文科天才古桥文乃攻克理科难题，还得辅导理科达人绪方理珠学习文科知识。随着剧情发展，游泳部的武元润香和艺术特长生小美浪爱澄也加入了补习行列。成幸在应对她们截然不同的性格与学习方式时，常常陷入哭笑不得的窘境。女孩们各自怀揣着对未来的迷茫与梦想，在成幸的帮助下逐渐成长。而随着朝夕相处，彼此间也萌生了微妙的情愫，让这段备考生活充满了青春的笑泪与心动。