《我们无法一起学习》讲述了高中三年级学生唯我成幸为了获得免除大学学费的“特别VIP推荐”，主动担任教育指导员，帮助同学备考的故事。他负责指导的对象是两位天才美少女：“文学之森的睡美人”古桥文乃和“机关精巧的拇指姑娘”绪方理珠。然而，这两位天才在各自不擅长的学科上却表现得一塌糊涂。成幸在帮助她们的过程中，不仅要应对她们独特的学习难题，还要面对她们个性鲜明的行为举止，常常被她们弄得焦头烂额。无论是学习还是恋爱，成幸都在这些“学不来”的女孩们的包围下疲于奔命。一场充满笑料与温情的校园恋爱喜剧由此展开。