《我的朋友很少第二季》延续了残念系青春喜剧风格，讲述羽濑川小鹰与邻人部成员们更爆笑的日常。随着新成员柏崎星奈的加入，社团活动愈发混乱——从自制电影引发角色争夺战，到夏日祭典的浴衣约会混战，甚至为文化祭筹备而陷入女仆咖啡厅与格斗游戏的荒诞对决。三日月夜空与小鹰的儿时记忆逐渐浮现，而星奈对夜空"肉"的挑衅性称呼引发连串爆笑冲突。在修学旅行中，成员们意外卷入宾馆幽灵事件，通过解谜意外加深了羁绊。随着第二学期结束，邻人部迎来圣诞派对，众人笨拙却真诚的互动暗示着友情的萌芽。故事以社团教室的温馨日常作结，这群"没朋友"的怪胎们终于明白：最珍贵的友情，早已在身边。