《特命战队GoBusters》讲述了13年前能源研究中心的主电脑"梅萨吉克"觉醒自我意识后暴走，导致三名研究员的孩子被困在亚空间。这些孩子长大后成为特命战士，与搭档机器人Buddyroid共同对抗卷土重来的机械生命体"瓦吉尔"。红战士樱田弘、蓝战士岩崎龙司和黄战士宇佐见阳子组成核心战队，后期加入黑战士阵雅人和粉红战士赤座伴子。他们驾驶巨型萝卜"巴迪机器人"与敌人作战，同时寻找13年前事件的真相。故事融合了特工元素与传统战队模式，主角们不仅要对抗外部威胁，还要面对自身因亚空间经历获得的特殊能力带来的副作用。