《神枪少女第二季》延续了第一季的故事背景，讲述了在现代意大利都市中，政府机关“社会福祉公社”的秘密行动。表面上，公社收容重伤残障的少女，为她们提供医治和职业训练，但实际上，这些少女被进行义体改造，并通过药物洗脑，成为对抗恐怖分子的尖兵。每位少女都配有一位辅佐官，组合被称为“fratello”，意为“兄妹”。少女们对自己的辅佐官有着深厚的依赖与忠诚，而这种关系也成为了她们战斗的动力。第二季进一步探讨了少女们在执行任务时的内心挣扎与情感纠葛，展现了她们在残酷命运中寻求自我认同的过程。随着剧情的发展，少女们逐渐面对自己的过去与未来，揭示了她们在战斗之外的人性与情感。