《噗哔啵～来自未来～》讲述了小学五年级女生姬路若叶的故事。她看似平凡，却拥有能看到灵体的特殊能力，因此被班上同学排挤。某天，若叶在回家路上捡到一只不断发出“噗哔波”声音的粉红色生物——小波。这只神秘生物的出现改变了若叶的生活，她逐渐打开心扉，结识了热爱灵异现象的转学生小东。两人因小波而展开了一段段奇妙的灵界冒险。随后，若叶又遇到了同样拥有灵异体质的少年结城直哉，两人因共同烦恼而成为好友，但他们的相遇背后隐藏着惊人的秘密。为了帮助结城摆脱灵异体质，若叶一行人飞入“消失尽头”，经历了更多不可思议的体验，友情的羁绊也愈发深厚。而小波的真面目也逐渐揭开……