《末日孤舰第四季》讲述了海军驱逐舰Nathan James的舰长Tom Chandler（Eric Dane饰）卸下英雄身份，与家人在希腊一个小渔村隐姓埋名生活。与此同时，Slattery（Adam Baldwin饰）及其船员发现，原本无法感染人类的病毒已经变种，开始侵袭全球的粮食作物，导致人类面临前所未有的饥荒危机。为了拯救世界，Chandler不得不重新披挂上阵，带领船员们展开一场与时间赛跑的全球行动，寻找病毒的源头并阻止其进一步扩散。在这场生死搏斗中，他们不仅要面对病毒的威胁，还要应对复杂的政治局势和人性的考验。