《末代御医》讲述了清朝末年京城名医杜仲（郭晋安饰）因治愈慈禧太后（罗兰饰）的顽疾而被破格提拔为御医，进入紫禁城的故事。杜仲凭借高超医术和聪明才智，深得皇帝和太后的信任，但他却在被囚禁的光绪皇帝身上看到了非凡的帝王之气，逐渐卷入宫廷政治斗争。杜仲家中有一妻洪百合（贾晓晨饰），因无法生育而纳茯苓（杨茜尧饰）为妾。茯苓性格刚烈，新婚之夜与人私奔，杜仲为成全她写下休书。多年后，茯苓被情人抛弃，与杜仲重逢并成为好友，两人合作破案，渐生情愫。故事展现了杜仲在宫廷斗争与个人情感之间的挣扎，以及清末宫廷的复杂权力斗争。