《命运之夜 无限剑制》第二季继续讲述了卫宫士郎与他的Servant Saber在圣杯战争中的冒险。圣杯是实现持有者一切愿望的宝物，而为了争夺圣杯，七名魔术师（Master）与七名英灵（Servant）展开了激烈的战斗。士郎作为一名年轻的魔术师，偶然与Saber签订了契约，成为了Master。他决心阻止圣杯战争的残酷，并与其他Master和Servant展开了殊死搏斗。在这一季中，士郎逐渐揭示了自己的过去和内心的信念，同时与Saber的关系也进一步加深。随着战争的推进，真相逐渐浮出水面，士郎必须面对自己内心的矛盾，并做出最终的选择。