《玛利亚狂热第二季》继续讲述了宫前加奈子在女校天妃女子学院的搞笑生活。加奈子对美少女有着极度的喜爱，但却对男性过敏，只要接触到男性就会引发荨麻疹。她本以为在这所女校可以安心享受与美少女们的生活，然而她却意外发现学校的宿舍管理员祇堂鞠也是个男扮女装的少年。鞠也为了继承家族传统，不得不以女装身份在学校生活。加奈子在得知真相后，陷入了既想接近又害怕的矛盾心理。与此同时，鞠也也对加奈子的反应感到困惑，两人之间的互动充满了笑料与误解。随着剧情的发展，加奈子逐渐适应了学校的日常生活，并与鞠也及其他同学展开了更多有趣的互动，故事在轻松幽默的氛围中继续推进。