《邻座的怪同学》动画版讲述了学霸少女水谷雫与问题少年吉田春之间奇妙的校园故事。成绩优异但性格冷淡的雫，被老师委派去给长期旷课的问题学生吉田春送讲义。本以为会遭遇不良少年的雫，却发现春是个单纯率真的怪咖——他因为不懂人际交往而长期孤立。两个性格迥异的人意外成为同桌，春对雫产生强烈好感并展开直球追求，而雫则在相处中逐渐被春的纯粹打动。随着春重返校园，这对"怪咖组合"与班长夏目朝子、优等生山口贤二等同学之间，展开了一系列爆笑又温馨的青春物语。作品以独特的幽默感描绘了青春期少男少女们笨拙又真挚的情感成长。