《灵书妙探第三季》延续了作家Richard Castle与警探Kate Beckett的默契合作。本季中，Castle继续以顾问身份协助Beckett侦破纽约离奇凶案，两人若即若离的暧昧关系因Beckett母亲谋杀案线索重现而面临考验。当Castle发现Beckett私下调查该案时，他们的信任关系濒临破裂。与此同时，连环杀手"3XK"再度现身，使案件危险升级。在紧张破案过程中，Castle前妻Gina带着女儿搬回纽约，为三人关系增添变数。本季通过十余个独立案件推进主线，最终以Beckett中枪的惊险悬念收尾，将角色情感与案件推理紧密交织。