《凉宫春日的忧郁2009》讲述了高中生凉宫春日对平庸生活感到极度不满，她坚信世界上存在外星人、未来人、异世界人和超能力者，并决定创立SOS团，寻找这些不可思议的存在。她在开学时的自我介绍震惊了全班，尤其是同班同学阿虚，一个看似普通的少年。阿虚被春日强行拉入SOS团，成为了她的副手。随后，寡言的读书少女长门有希、元气少女朝比奈实玖瑁和神秘的少年古泉一树也相继加入。随着故事的发展，阿虚逐渐发现，这些成员似乎都不是普通人，而春日本人也隐藏着改变世界的力量。她的忧郁源于对世界的强烈不满，而她试图通过SOS团的活动，让世界变得更加热闹和有趣。