《蓝色档案2008》的故事背景设定在二十世纪四十年代初，日寇投降前夕的上海。日本驻上海的特务机关梅机关头目松田祯昭密藏了一份名为“蓝色档案”的长期潜伏特务名单。为了获取这份名单，国民党中统局派遣特工赵康成功打入梅机关内部，同时军统局也派出特工银狐和寒冰从重庆赶赴上海执行任务。赵康在梅机关中与松田祯昭展开周旋，试图获取档案，而银狐和寒冰则在外部配合行动。随着各方势力的角逐，真相逐渐浮出水面，特务名单背后的阴谋也愈发复杂。在这场暗战中，赵康、银狐和寒冰不仅要面对敌人的威胁，还要应对内部的猜疑与背叛，最终他们能否成功获取蓝色档案，成为决定胜负的关键。