《蜡笔小新外传2 玩具大战》讲述了野原新之助与春日部防卫队的伙伴们卷入一场玩具世界的奇妙冒险。某天，小新心爱的动感超人玩具突然活了过来，并带领其他玩具组成反抗军，对抗企图统治玩具世界的邪恶组织。小新和风间、妮妮等人意外缩小进入玩具世界，与动感超人并肩作战。他们穿越由积木搭建的城堡、塑料模型组成的战场，最终揭开了玩具叛变的真相——原来是被遗弃的旧玩具首领策划的复仇计划。在经历一系列搞笑又惊险的战斗后，小新用他特有的无厘头方式化解了玩具们的怨念，让新旧玩具重归于好。故事以玩具们举办狂欢派对收尾，而小新回到现实世界后，更加珍惜自己所有的玩具。