《橘色奇迹2016》讲述高二女生菜穗（花泽香菜 配音）收到一封来自10年后的自己的信。未来的她充满悔恨，希望现在的菜穗能避免同样的遗憾。信中提到了转学生翔（山下诚一郎 配音），他将在不久后离世。菜穗意识到，她有机会改变未来，拯救翔的命运。然而，真正的关键在于拯救翔的心，而不仅仅是改变事件的结果。随着菜穗努力与翔建立联系，她逐渐理解到，珍惜当下才是最重要的。过去与未来的交织，让菜穗面临艰难的抉择，但也让她明白了爱与生命的意义。影片通过时空交错的叙事手法，探讨了青春、友情与爱情的主题，展现了角色们在面对命运时的成长与蜕变。