《机巧魔神第一季》讲述了高中生夏目智春因被青梅竹马水无神操绪的幽灵附体而开始了不平凡的生活。智春搬入新住所“鸣樱邸”后，原本期待过上平静生活的他却被卷入了一系列神秘事件。一位名为黑崎朱浬的少女出现，揭示了智春体内隐藏的“机巧魔神”——一种强大的战斗机械。智春逐渐发现自己与一个名为“恶魔契约者”的组织有关，他们利用机巧魔神进行战斗。在操绪和朱浬的帮助下，智春必须面对来自各方的敌人，揭开自己身世的秘密，并保护他所珍视的人。随着剧情推进，智春不仅要应对复杂的战斗，还要处理与操绪、朱浬等人之间的情感纠葛，故事充满了悬疑、动作与爱情的元素。