《机动战士高达SEED DESTINY HD重制》延续了前作的故事线。C.E.73年，地球联合军与ZAFT的战争再次爆发。真·飞鸟因家人死于战争而加入ZAFT，成为新型高达的驾驶员。与此同时，前代主角基拉·大和与拉克丝·克莱因发现战争背后隐藏的阴谋。随着战局升级，真与基拉的理念产生激烈冲突。在奥布陷落、创世纪再现等一系列事件后，双方逐渐认清迪兰达尔议长的野心。最终大战中，真与基拉等人联手阻止了命运计划的实施，为战乱的世界带来新的希望。故事通过多位年轻人的视角，展现了战争对人性的考验与和平的珍贵。