《假面骑士Kabuto》讲述了1999年，一颗陨石坠落在日本涩谷，带来了一种名为“蠕虫”的神秘外星生命体。七年后，蠕虫以涩谷为中心开始繁殖并威胁人类。为了对抗这一危机，警方秘密组织ZECT开发了“Masked Rider系统”。加贺美新作为ZECT的一员，试图利用新武器对抗蠕虫，但事情并不顺利。与此同时，一位自称“天道总司”的神秘年轻人出现，他自信而强大，声称“遵循天道并控制一切”。天道总司获得了Kabuto Zecter，变身为假面骑士Kabuto，展开了与蠕虫的激烈战斗。随着故事的发展，天道总司与加贺美新逐渐成为并肩作战的伙伴，共同面对人类与蠕虫的生存之战，揭开隐藏在背后的真相。