在《假面骑士Amazons第二季》中，世界表面恢复平静，但Amazon细胞感染仍在暗中蔓延。政府秘密成立4C组织，专门清除Amazon化的感染者。故事围绕被Amazon养大的少年千翼展开，他化身假面骑士Amazon Neo，与同类对抗。随着战斗升级，千翼逐渐质疑自己的立场，而4C组织的真实目的也浮出水面——他们企图利用Amazon细胞进行人体实验。当千翼发现养育自己的Amazon族群正面临灭绝危机时，他必须在人类与Amazon的生存之战中作出抉择。与此同时，新的敌人"原生体Amazon"苏醒，其恐怖力量威胁着双方存亡。这场充满血腥与挣扎的生存之战，最终将揭示"怪物"与"人类"界限的真正答案。