《假面骑士Amazons》第一季讲述了一个隐藏在城市中的恐怖秘密：一种被称为“Amazon”的异形生物正在吞噬人类，数量高达4000只。制造这些怪物的元凶是野座间制药公司，他们秘密成立了驱除班“野座间Peston Service”来消灭Amazon。故事围绕青年水泽悠展开，他原本过着平静的生活，却意外发现自己与Amazon有着密切关联。悠逐渐觉醒为假面骑士Amazon Omega，与驱除班的鹰山仁（假面骑士Amazon Alpha）并肩作战，对抗Amazon并揭开背后的真相。与此同时，悠也在挣扎中寻找自己的身份与使命，面对人类与Amazon之间的生存冲突。