《混沌武士》的故事發生在日本江戶時代。風是一家小茶館的侍女，某日茶館裡來了一群地方惡霸，其中地方官的兒子龍次郎尤其囂張跋扈。風因意外得罪了龍次郎，情急之下，茶館內一名無職浪人「無幻」出手相救。另一方面，地方官欺壓百姓，流浪武士「仁」路見不平，拔劍相助，殺死了地方官的四名保鏢，救下了窮人，因此得罪了地方官。
無幻和仁在茶館相遇並交手，突然一場大火將他們困住，二人被捕。地方官的兒子在大火中喪生，憤怒的地方官下令將二人斬首。行刑當日，二人大鬧刑場，並在風的幫助下成功逃脫。作為交換，風要求他們一同尋找一位「帶著向日葵香味」的武士。於是，三人展開了一段充滿奇幻與冒險的旅程。