《皇家国教骑士团》讲述了在英国，吸血鬼依然存在于世，而对付它们的秘密组织皇立国教骑士团（Hellsing）肩负着消灭这些反基督怪物的使命。故事从一个名为CHEDERS的村庄开始，一位神秘的牧师到来后，村民们接连失踪。警方介入调查，却在逮捕牧师的过程中全员丧生。伦敦警署派出精锐部队DII，任务中又损失惨重。Hellsing的领导人因特古拉派出吸血鬼杀手阿卡特前往处理。在村庄中，DII部队遭遇袭击，仅存女警瑟拉丝一人。她被丧尸包围，危急时刻被阿卡特所救，但她很快发现阿卡特并非人类。慌乱中，瑟拉丝逃到教堂，却被“牧师”俘虏。绝望之际，阿卡特再次出现，经过一番激烈战斗，瑟拉丝在生死边缘接受了阿卡特的“吻”，成为吸血鬼并加入Hellsing。此后，Hellsing总部遭到入侵，故事逐渐展开更复杂的阴谋与战斗。