《黑骸》讲述了2016年夏天，位于日本黑部的研究所因大坝建设中发现的遗物“Artifact”而成为全球关注的焦点。立山国际高中的学生白羽由希奈，因其母亲是研究所所长，偶然卷入了一场神秘事件。某天，研究所突然遭到不明火球袭击，冲击波震碎了窗户，警报响起。与此同时，一位沉睡已久的武士在研究所内苏醒。这位武士的出现与“Artifact”有着千丝万缕的联系，而他的使命似乎与保护这个世界息息相关。随着事件的深入，由希奈与她的朋友们逐渐揭开了遗物背后的秘密，并发现这位武士的存在并非偶然，而是时代再度召唤他的结果。