《攻壳机动队：AAA》讲述了某年圣诞夜，大批民众聚集在某栋大厦门外，抗议国家与库赞共和国的纯净水合作计划。与此同时，交通网络及相关电子系统遭到入侵，全面失灵，甚至维持治安的警察开始射击抗议民众。危急时刻，公安九课少校草薙素子率领队员巴特、陀古萨等人迅速行动，与恐怖分子和黑客展开激烈对抗。故事还回溯到2027年6月，时任陆军机密部队501机关中佐真室在街头被杀害，公安九课课长荒卷大辅在墓地与生化人草薙素子首次相遇。素子接受荒卷委托追查真相，过程中与巴特等人结识，这正是一段传奇部队“攻壳机动队”成立前夕的故事。