在《Fairy Gone》的世界里，人类通过植入妖精器官获得超能力，成为“妖精兵”。故事发生在战争结束九年后，政局动荡不安，残余的妖精兵沦为佣兵或恐怖分子。女主角玛丽亚·诺埃尔幼时在战争中失去家人，被军方培养成精英妖精兵。成年后她加入违法妖精兵调查组织“Dorothea”，追查昔日战友维罗妮卡——如今化身复仇者，利用妖精之力制造连环爆炸。随着调查深入，玛丽亚发现维罗妮卡背后牵扯着军方高层秘密人体实验的黑暗真相。与此同时，各地陆续出现妖精暴走事件，多方势力围绕失控的妖精兵器展开激烈争夺，而玛丽亚体内沉睡的妖精也渐渐苏醒……