在遥远的未来，人类文明濒临崩溃，幸存者生活在移动要塞都市"种植园"中。一群被称为"寄生虫"的少男少女被培养成FRANXX机甲的驾驶员，他们对外面的世界一无所知。代号"016"的广曾是天才驾驶员，却因无法与搭档同步而失去价值，直到他遇见了神秘少女02——长着角的"搭档杀手"。当两人奇迹般地成功驾驶鹤望兰号FRANXX后，他们被编入第13部队。随着战斗的深入，孩子们逐渐发现世界的真相：他们不过是大人用来对抗叫龙的工具，而02身上隐藏着连接人类与叫龙的关键秘密。在反抗与成长中，广与02以"DARLING"相称，誓要打破命运的枷锁。