《刀剑神域 Alternative GGO》讲述了少女小比类卷香莲在虚拟现实游戏《Gun Gale Online》（GGO）中以“莲”的身份展开冒险的故事。莲因现实中身材高大而感到自卑，但在游戏中她化身为娇小可爱的粉红色装束少女，享受着独自游玩的乐趣。随着游戏经验的积累，莲逐渐展现出强大的实力，并因一次意外事件对玩家对战（PK）产生了兴趣，甚至被称为“粉红恶魔”。在一次任务中，莲结识了神秘的美女玩家Pitohui，并被邀请参加名为“Squad Jam”的团队对战大赛。莲与队友们携手合作，在激烈的枪战中不断突破自我，逐渐揭开Pitohui的真实身份以及她背后隐藏的动机。故事融合了紧张的战斗与角色之间的情感羁绊，展现了莲在虚拟世界中寻找自我价值的过程。