《弹丸论破3 The End of 希望之峰学园 绝望篇》讲述了私立希望之峰学园的故事，这所学园汇集了各个领域的超一流高中生，分为“本科”和“预备学科”两个部分。第77期本科生们不仅拥有超凡的才能，性格也充满个性。他们逐渐意识到，人生中最重要的并非才能，而是在人际交往中磨砺人格与创造回忆，像普通高中生一样享受着学园生活。然而，随着学园内部一个神秘计划的推进，学科间的差别问题逐渐显露。预备学科的少年日向创因渴望才能而卷入了命运的漩涡，他与本科生的相遇将学园和未来引向了无法预测的方向。最终，这一切成为了“人类史上最大最恶性的绝望性事件”的前奏，讲述了一个以绝望告终的希望故事。