《百花缭乱武士少女》讲述了21世纪仍被德川幕府统治的日本，柳生宗朗作为道场继承人，因反对幕府独裁而遭遇变故。某天，六位身怀绝技的少女武士突然从天而降：使用双刀的柳生十兵卫、擅长薙刀的德川千、精通枪术的真田幸村等。这些来自不同时代的武士少女们认定宗朗是"将军继承人"，誓死效忠。在武应学园这个权力中心，宗朗与少女们既要对抗学生会长的镇压，又要解开穿越时空的谜团。随着战斗升级，少女们相继觉醒"武士纹章"力量，而宗朗也逐步发现自己与德川幕府隐藏的惊人联系。故事融合剑术对决与校园生活，展现少女武士们用刀剑开辟新时代的热血传奇。