《暗夜第六感2041》讲述了在2041年的东京，人类社会已经完全否定了精神力量的存在，甚至对超自然现象的创作进行了严格控制。雾原直人和直也兄弟因拥有超能力而被隔离在异能研究所长达15年。当他们终于走出研究所时，发现外面的世界并不如他们所期待的那样接纳他们。与此同时，黑木拓也和裕也兄弟作为国家安全总部的精锐特种部队成员，坚信超自然现象是虚假的，并负责追捕思想犯。然而，在一次行动中，他们遇到了神秘女孩双海翔子，她的出现打破了他们原有的认知。翔子引导他们与雾原兄弟相遇，逃亡者与追捕者之间的命运交织由此展开。两兄弟的故事在2041年的东京背景下逐渐揭晓，揭示了隐藏在人类大脑中未开发的70%能力——“NIGHT HEAD”的真相。