《我们仍未知道那天所看见的花的名字》讲述了一群从小一起长大的六个孩子的故事。随着他们升上高中，彼此的关系逐渐疏远。宿海仁太成了一个宅男，安城鸣子变得有些叛逆，松雪集和鹤见知利子进入了重点高中，而久川铁道则放弃了学业去旅行。只有幼年死去的本间芽衣子，她的灵魂依然单纯如初，并且只有仁太能够看见她。某天，芽衣子突然出现在仁太面前，请求他帮助自己实现一个愿望。仁太虽然感到为难，但还是答应了她。为了实现芽衣子的愿望，曾经疏离的大家再次聚集在一起，重新找回童年的友情，并逐渐解开彼此心中的心结。故事通过这群少年的成长与回忆，展现了青春、友情与逝去的纯真。