在《假面骑士圣刃 深罪三重奏》中，世界在剑士们战胜灾厄八年后迎来和平。小说家神山飞羽真收养了神秘男孩小陆，与伙伴们过着平静生活。然而诡异事件接连发生——多位剑士突然失踪，相关记忆竟从世人脑海中消失。飞羽真调查时发现，这一切与一本记载着"深罪之书"传说的禁书有关。当小陆的真实身份与禁书力量逐渐浮出水面，新的危机迫使圣刃再度觉醒。面对能篡改现实的强大敌人，飞羽真必须与伦太郎、贤人等昔日战友重新集结，揭开缠绕在真相之上的三重命运谜团，守护来之不易的和平。故事在温馨日常与悬疑战斗间交织，探讨了记忆、羁绊与救赎的主题。