《假面骑士超越世代》讲述了1971年科学家百濑龙之介被修卡组织强迫研发改造人类的实验。良心发现的龙之介拒绝继续协助，却意外释放了恶魔迪亚波罗，随后被流放至宇宙。通过黑洞穿越到2071年的他，发现未来已被迪亚波罗统治。为改变命运，龙之介利用回旋加速驱动器来到2021年，试图与儿子秀夫联手对抗恶魔。但长期积怨让秀夫拒绝合作，直到假面骑士们挺身而出。当五十岚一辉、神山飞羽真等骑士共同作战时，父子心结终于解开。龙之介与秀夫变身为假面骑士世纪，穿梭时空与迪亚波罗展开最终对决。在骑士们的努力下恶魔被消灭，而跨越半个世纪的父子隔阂也随之消融。