《机动奥特曼终章》讲述了进次郎因梦到光之巨人奥特曼与怪兽芝顿的对峙而陷入困扰，同时他逐渐难以控制日益增强的奥特曼之力。在此期间，假冒机动奥特曼破坏街道的事件频发，导致世界对奥特曼的危机舆论愈演愈烈，科特队也陷入舆论的漩涡。然而，这一切都是一个外星人的阴谋，幕后黑手竟是艾德。艾德的真实目的是利用舆论和混乱，推动人类对奥特曼的恐惧与排斥，从而达成自己的邪恶计划。进次郎必须在自身力量失控的危机中，揭露真相，阻止艾德的阴谋，并重新赢得人类的信任。最终，他直面内心的恐惧与力量的极限，与敌人展开了一场决定人类命运的对决。