《石纪元第三季》延续了前两季的冒险与科幻主题。在全人类被神秘现象石化数千年后，科学少年千空再次醒来，决心以科学的力量重建文明。他与同伴们建立了科学王国，致力于恢复人类的科技与生活。然而，他们面临着由灵长类最强高中生狮子王司领导的武力帝国的威胁。司为了净化人类，试图以武力阻止科学的发展。科学与武力的对抗愈演愈烈，千空与伙伴们必须运用智慧与勇气，寻找新的资源与技术，同时应对司的强势挑战。在这个过程中，他们逐渐揭开石化现象背后的真相，并探索人类未来的可能性。故事充满了热血与冒险，展现了科学与人性在绝境中的光辉。