21世纪，地球迎来和平时代，TPC组织成立维护全球安全。然而2007年，两颗陨石坠落地球，带来预言灾难的时空胶囊。与此同时，远古怪兽哥尔赞和美尔巴苏醒，开始破坏城市。TPC下属的GUTS小队发现金字塔中沉睡着三位光之巨人的石像，但其中两座很快被怪兽摧毁。队员大古在危急时刻化作光芒，与最后一座石像融合，使迪迦奥特曼复苏。这位来自超古代的光之战士与两大怪兽展开激战，最终守护了地球。随着迪迦的觉醒，更多怪兽和宇宙人接连出现，大古与GUTS队员们共同面对新的威胁，揭开超古代文明灭亡的真相。故事展现人类与光之巨人携手对抗黑暗势力，守护地球和平的传奇历程。