《火烧红莲寺》讲述了明朝末年昆仑派弟子柳迟的江湖传奇。一心想成为剑侠的柳迟被昆仑派大弟子刘鸿利用邪术操控，企图污辱女侠红姑，事发后被村民捉奸在屋，面临浸猪笼的酷刑。危急关头，昆仑派掌门吕宣良出手相救，因欣赏红姑的刚毅性格收其为徒，却嫌弃柳迟轻浮油滑而拒绝收留。深受刺激的柳迟在江南酒侠帮助下苦练武艺，最终以坚韧意志打动昆仑派弟子笑道人，被破例收入门下。与此同时，清朝官兵围剿少林寺，俗家弟子方世玉与师叔至能大师在逃亡途中结识女子豆豆，三人遭遇清兵追杀。至能大师惨死后，方世玉与豆豆被掳至神秘组织控制下的红莲寺，发现这里囚禁着众多被迫为奴的少林弟子，昔日同门洪熙官也已屈服于邪恶势力。两条故事线最终在红莲寺交汇，众侠士联手对抗幕后黑手"神公"，展开一场正邪对决。影片融合武侠动作与江湖恩怨，展现了乱世中武林人士的挣扎与抗争。