漆黑的夜晚，一名间谍潜入日本警方机构，盗走了记载各国谍报机构重要数据的绝密文件。日本警方和FBI探员赤井秀一立即展开追捕，最终间谍的车辆坠落悬崖。次日，柯南和伙伴们来到东都水族馆游玩，发现一名受伤失忆的美丽女子。女子随身携带的手机中存有与黑衣组织相关的信息，柯南意识到她可能是关键人物。与此同时，黑衣组织成员琴酒等人也在追查这名女子。随着调查深入，柯南发现女子与失窃的绝密文件有关，而她的真实身份竟是组织的前成员库拉索。在摩天轮上的最终对决中，库拉索为保护孩子们选择牺牲自己，摧毁了组织的阴谋。柯南与伙伴们成功阻止了数据泄露，但库拉索的记忆永远消失在夜色中。